En el año 2071, la Tierra yace en ruinas, dominada por dioses salvajes conocidos como "Aragamis". Kagami Ryo, líder del Equipo Uno de la Sucursal del Lejano Oriente, decide regresar a lo que una vez fue Japón, después de medio año de los eventos del juego original.
Mientras Kagami explora las tierras devastadas, descubre un secreto oscuro que podría cambiar el destino de la humanidad para siempre. Oculto entre las sombras, un nuevo tipo de Aragami comienza a surgir, más poderoso y despiadado que nunca.
Con la ayuda de viejos aliados y nuevos amigos, Kagami se embarca en una misión peligrosa para desentrañar los misterios de este enemigo formidable. Sin embargo, a medida que se adentra en lo desconocido, se ve obligado a enfrentar sus propios demonios internos y tomar decisiones difíciles que pondrán a prueba su lealtad y determinación hasta el límite.
En un mundo donde la línea entre el bien y el mal se desdibuja, Kagami se encuentra en una encrucijada donde cada elección que haga podría desencadenar consecuencias impredecibles. ¿Podrá superar las pruebas que se interponen en su camino y forjar su propio destino en esta espiral de incertidumbre y peligro?