En lo más profundo del Bosque Perdido, Link buscaba desesperadamente a su viejo amigo, Navi. Sin embargo, su búsqueda se vio abruptamente interrumpida por un Skull Kid poseído por un mal indescriptible. Con un movimiento travieso, el Skull Kid envió a Link a un mundo paralelo, un mundo sumido en la oscuridad y el caos.
Al despertar en Termina, Link se encontró con una tierra en grave peligro. Los habitantes estaban siendo consumidos por el poder oscuro de una reliquia maligna conocida como la Máscara de Majora. Pero lo que más urgía a Link era la luna suicida, colgando en el cielo amenazante, lista para estrellarse contra el mundo en tan solo 72 horas.
Decidido a detener la catástrofe inminente, Link se embarcó en una carrera contrarreloj para encontrar una manera de detener el descenso de la luna. En su camino, se encontró con aliados inesperados y enemigos formidables. Los secretos detrás de la Máscara de Majora comenzaron a desvelarse, revelando un misterio antiguo y peligroso que pondría a prueba la valentía y la determinación de nuestro héroe.
La batalla final se acercaba, con el destino de Termina y de Link en la balanza. ¿Podría nuestro héroe superar los desafíos que se interponían en su camino y salvar al mundo de su inminente destrucción? Solo el tiempo diría si Link era lo suficientemente valiente y astuto para triunfar sobre la oscuridad que amenazaba con consumirlo todo.