Câu chuyện xoay quanh Nana, một cô nữ sinh trung học thông minh và năng động, luôn giữ bí mật về sở thích kỳ lạ của mình: thú vui SM. Một ngày nọ, cô tình cờ lọt vào mắt xanh của Kaoru - một học sinh cá biệt, luôn trầm lặng và ôn hòa. Trái ngược hoàn toàn với vẻ ngoài nữ quyền của Nana, Kaoru luôn đề cao tinh thần trách nhiệm và sự tử tế.
Dần dần, qua những cuộc trò chuyện và trải nghiệm chung, họ nhận ra bản chất đích thực của nhau: cả hai đều đang tìm kiếm sự tự do và cách tiếp cận đích thực với bản thân. Trải qua hàng loạt thử thách và khó khăn, họ hiểu rõ hơn về tâm hồn, tình cảm và khao khát của mình.
Mối quan hệ giữa Nana và Kaoru không chỉ là về SM, mà hơn hết về sự hiểu biết, chia sẻ và sự đồng cảm. Liệu họ có thể vượt qua rào cản của xã hội và tìm thấy hạnh phúc, điều duy nhất họ thật sự đáng giá? Đốn tim người đọc bằng sự phức tạp tinh tế của lòng người, 'Nana to Kaoru - Kokosei no SM Gokko' đã sẵn sàng khám phá những khía cạnh ẩn giấu của tình yêu và sự chấp nhận.