Trong lúc X và Y tiếp tục cuộc hành trình khám phá vùng đất Kalos, họ vô tình bắt gặp một cuộc giao tranh quyết liệt giữa hai Pokémon huyền thoại Xerneas và Yveltal. Tiếng thét và sự rung động của đất đai khiến họ không thể rời mắt khỏi cuộc chiến sinh tử giữa hai sinh vật mạnh mẽ.
X bắt đầu cảm thấy áp lực trên vai mình, ông nhận ra rằng cảm xúc của mình đang bị lũ lực này đe dọa. Trong khi đó, Y bắt đầu tìm hiểu về nguồn gốc của cuộc chiến, và phát hiện ra một bí mật kinh hoàng đằng sau sự xuất hiện của Xerneas và Yveltal.
Với sự giúp đỡ của những người bạn đồng hành, X và Y quyết định can đảm đối mặt với thử thách, để cố gắng chấm dứt cuộc chiến và khám phá sự thật đằng sau sự kiện kinh hoàng đó. Liệu họ có thể thành công, hay Kalos sẽ chìm trong bóng tối mãi mãi? Một cuộc phiêu lưu mới đang chờ đợi họ, với những rủi ro và bí ẩn lớn hơn bao giờ hết.