En medio de la oscuridad de la habitación, Okabe Rintarou se encontraba paralizado al ver aparecer ante sus ojos a "Makise Kurisu" una vez más a través de Amadeus, gracias a Hiyajou Maho. La sensación de tenerla de vuelta era abrumadora, como si el destino estuviera jugando con él, recordándole el dolor de su pérdida.
Mientras tanto, en otro rincón de la ciudad, Hashida Itaru se sumergía en su trabajo secreto como hacker, sin darse cuenta de los peligros que estaba desencadenando. Cada línea de código que escribía lo acercaba más a una verdad perturbadora, a un conflicto del que quizás no pudiera escapar.
Los hilos del destino se entrelazaban en una trama compleja, enredando los destinos de estos personajes en un juego mortal de pasado y presente. ¿Serán capaces de enfrentar la verdad que se esconde en las sombras o sucumbirán ante las fuerzas que buscan controlar sus vidas? El reloj seguía su tic-tac implacable, marcando el inicio de una nueva batalla por la supervivencia.