En Ciudad Academia, la calma parecía haber regresado después de la batalla contra la Iglesia de Inglaterra. Kamijou y Index disfrutaban de su vida cotidiana, pero la tranquilidad no duraría mucho. Un extraño fenómeno comenzó a manifestarse en la ciudad, afectando a los habitantes de formas misteriosas y peligrosas. Kamijou, junto con sus amigos, se vio envuelto en una nueva crisis que desafiaba todo lo que creían saber sobre sus propios poderes y el mundo en el que vivían.
Mientras tanto, un nuevo enemigo desconocido acechaba en las sombras, manipulando los eventos detrás de escena para sus propios fines retorcidos. Con la llegada de este nuevo peligro, Kamijou se vio obligado a enfrentarse a sus miedos más profundos y descubrir el verdadero alcance de su fuerza interior.
Con la línea entre la realidad y la magia cada vez más borrosa, Kamijou y sus amigos se vieron atrapados en una red de conspiraciones que los llevaría al límite. Enfrentando decisiones imposibles y sacrificios devastadores, tendrían que descubrir la verdad detrás de este nuevo enemigo antes de que fuera demasiado tarde. ¿Podrían Kamijou y sus aliados prevalecer una vez más, o esta vez la oscuridad sería su perdición?