Trong một đêm trăng sáng, Touma, Index và Arisa đứng trước nguy cơ đe dọa cả Ciudad Academia. Ánh sáng lừa dối của Endymion chiếu xuống, phản chiếu bức tranh của một cuộc chiến giữa phép thuật và khoa học. Khi Shattoaura dẫn đầu cuộc đối đầu, bí mật về Arisa dần dần hé lộ. Sức mạnh ẩn giấu trong cô gái Nivel 0 không chỉ là khóa của sự cân bằng, mà còn là chìa khóa cho sự sống còn của cả hai thế giới.
Touma phải đối diện với quyết định khó khăn giữa bảo vệ Arisa và ngăn chặn cuộc chiến lớn sắp đến. Trái tim anh tan chảy trước tâm lý phức tạp của Arisa, cô gái mang trên vai trách nhiệm lớn lao. Trải qua những vụ lợi lẽ, hi sinh và sự đau đớn, họ cùng nhau quyết định giữ cho thế giới này không chìm sâu vào bóng tối của cuộc chiến không đồng nhất. Trận chiến cuối cùng sẽ chứng kiến sự đồng lòng của cả hai phe, hay sẽ là hồi kết bi thảm của một cuộc chia ly không ai mong muốn?