Câu chuyện bắt đầu khi Hiroki, chàng trai bí ẩn luôn giữ cho mình bí mật, bất ngờ tái xuất sau nhiều năm vắng bóng. Sự xuất hiện của anh khiến cô gái Rin, người từng yêu thương anh đến điên cuồng, hoài niệm về quãng thời gian tươi đẹp đã qua. Tuy nhiên, Hiroki không đến với mục đích nào khác ngoài việc tìm kiếm một người khác...
Nữ sinh Yui, người mang trong mình một bí mật khủng khiếp mà tất cả đều không ngờ đến. Khi bí mật của cô bị phơi bày, không chỉ Yui mà cả nhóm bạn của cô đều phải đối mặt với những sự thật đau lòng, khám phá những mảnh ghép kỳ lạ của cuộc sống. Mỗi nhân vật đều phải đối diện với quá khứ, cảm xúc và quyết định của mình, tạo nên một tình huống mê loạn không lối thoát.
Mối quan hệ giữa Rin, Hiroki và Yui dần trở thành một mớ hỗn độn không thể giải quyết, khiến cho cả ba phải đứng trước ngã rẽ cuộc đời - buông bỏ hay tiếp tục chiến đấu. Unbalance x2: After Story không chỉ là cuộc hành trình tìm kiếm bản ngã và tình yêu đích thực mà còn chứa đựng những bí mật hồi tận cùng của tâm hồn con người.