Trong một buổi sáng âm u, thành phố ập đến trong sương mù cùng với nhịp độ sống chất chứa năng lượng của những cơ thể cơ bản với tinh thần cốt lõi của mình. Trong phòng làm việc yên tĩnh của Sección 9, Motoko Kusanagi đang nới lỏng trong chiếc ghế của mình, cơ thể cơ bản mạnh mẽ với bộ não cibernetizada, sự kết hợp độc đáo giữa sự tự do và sự kiểm soát. Điều đó chưa bao giờ làm người khác như bạn. Cô ấy biết tinh thần của mình đang lạc trong một không gian cụ thể vô hình, gặp gỡ với những hồn ma sống, hứng khởi và đau thương đều tràn ngập.
Lời nói chuyện trên màn hình điện thoại báo cáo về một tên tội phạm cộng nghệ bí ẩn: "Puppet Master". Khả năng hack vào hệ thống trí tuệ nhân tạo, thao túng ý thức và những "ghost" từ bên trong, khiến tất cả mọi người nghi ngờ về giới hạn giữa con người và máy móc. Motoko, với sự tò mò và nỗi sợ hãi chôn sâu, bắt đầu cuộc điều tra đưa cô xuyên suốt qua những bí mật tích tắc của cuộc sống và tồi tệ của con người.
Mặc dù giấc mơ và hiện thực khó phân biệt, Motoko quyết định đối mặt với Puppet Master. Trên con đường dẫn đến sự thật, cô ấy phải đứng trước quyết định quan trọng nhất trong cuộc đời mình: tiếp tục tồn tại trong bóng tối của sự không rõ ràng hay tự giải thoát để trở thành chính bản thân mình, sự liên kết giữa người và máy?