En la Academia Kunoichi Gakuen Ninpouchou - Yogakure, Ichinose Kouta se encuentra enredado en un torbellino de emociones y peligros inesperados. Tras descubrir la verdadera identidad de la escuela como un lugar de formación de ninjas, Kouta se ve envuelto en un conflicto cada vez más intenso entre la presidenta del consejo estudiantil, Fuyunagi Rindou, y la misteriosa Momochi Yayoi.
A medida que Kouta se adentra en el mundo secreto de las kunoichis, se da cuenta de que su destino está entrelazado con el de estas poderosas guerreras. Con cada giro inesperado, Kouta descubre más sobre su propio pasado y el papel que desempeña en la antigua rivalidad que amenaza con desgarrar la escuela.
Entre luchas de espadas, traiciones y alianzas sorprendentes, Kouta deberá desentrañar los secretos del pasado mientras lucha por su propia supervivencia en medio de la guerra ninja que se avecina. ¿Podrá Kouta encontrar la verdad oculta tras los muros de la academia y forjar su propio destino como un verdadero ninja? ¡El destino de Kouta y las kunoichis está a punto de cambiar para siempre en Kunoichi Gakuen Ninpouchou - Yogakure!