En una ciudad llamada Midchilda, donde la magia y la tecnología se entrelazan en perfecta armonía, tres jóvenes estudiantes de primaria descubren un misterioso libro antiguo en la biblioteca de su escuela. Al abrirlo, son envueltas por una luz deslumbrante y se encuentran transportadas a un mundo mágico completamente nuevo.
Allí son recibidas por una criatura mágica llamada Lyrin, quien les revela que tienen el potencial de convertirse en Mahou Shoujo, guerreras mágicas destinadas a proteger el mundo de las fuerzas oscuras que amenazan con destruirlo. Sin embargo, para desbloquear todo su poder, deberán enfrentarse a sus propios miedos y deseos más profundos.
A medida que exploran este nuevo mundo lleno de peligros y maravillas, las tres amigas descubren habilidades mágicas únicas dentro de sí mismas y se ven obligadas a tomar decisiones que pondrán a prueba su valentía y lealtad. Mientras tanto, una sombra antigua comienza a extenderse sobre Midchilda, amenazando con desencadenar una guerra mágica que podría cambiar el destino de todos para siempre. ¿Lograrán las jóvenes Mahou Shoujo desentrañar los secretos de su pasado y salvar su mundo de la destrucción inminente? La batalla por la inocencia acaba de comenzar.