Trong một ngày nắng đẹp, Homura Kaname bắt đầu nhận ra rằng mọi thứ xung quanh đều không phải là thực. Cô đang sống trong một thế giới mơ hồ, nơi Madoka vẫn còn sống và cả hai cùng nhau đến trường. Mọi người xung quanh Homura đều già đi, nhưng cô vẫn giữ được vẻ trẻ trung với ánh mắt sáng ngời. Điều đó khiến cảnh báo trong tâm trí Homura văng vẳng, liệu đây có phải là một mê cung do magia gây ra?
Không chỉ vậy, càng ngày càng nhiều dấu hiệu cho thấy thế giới mà Homura đang sống không phải là một nơi bình thường. Những sự kiện kỳ lạ, những hồi ức bi kịch từ quá khứ bắt đầu ám ảnh cô gái trẻ. Homura không thể tin rằng Madoka có thể vẫn còn sống, cô quyết định điều tra sự thật đằng sau sự thật ẩn giấu. Thế giới mơ hồ này đang âm mưu gì đằng sau bức màn huyền bí? Liệu Homura sẽ tìm ra câu trả lời và từ bỏ thế giới ảo này để đối mặt với thực tại khắc nghiệt?