En la escuela secundaria Hitoyoshi Takuma, todos hablaban de Shinobu-san, la misteriosa estudiante que parecía moverse como una sombra. Algunos decían que era una ninja real, con sus bombas de humo y shurikens, mientras que otros pensaban que solo era una chica muy habilidosa. Takuma estaba decidido a desentrañar el misterio, aunque Shinobu-san lo negara rotundamente.
Una tarde, mientras seguía a Shinobu-san por los pasillos desiertos de la escuela, Takuma vio algo que lo dejó sin aliento. Shinobu-san se detuvo frente a un grupo de matones que intimidaban a un estudiante de primer año, y en un abrir y cerrar de ojos, los matones estaban en el suelo, derrotados. Takuma se quedó asombrado al ver la rapidez y la destreza con la que Shinobu-san se movía, como si realmente fuera una ninja.
Intrigado, Takuma decidió acercarse a Shinobu-san y preguntarle directamente. Pero lo que descubrió esa tarde cambiaría su vida para siempre. Shinobu-san le reveló su verdadera identidad y le contó la razón por la que había mantenido su secreto todo este tiempo. Takuma se encontró atrapado en un torbellino de emociones, sin saber en quién confiar.
¿Qué otros secretos esconderá Shinobu-san? ¿Podrá Takuma aceptar la verdad y seguir adelante? Descúbrelo en este emocionante y enigmático relato de Ninja Shinobu-chan no Junjou.