Trong một thế giới tương lai ở nơi mà con người và Repliroid sống hòa bình cạnh nhau, sự khủng hoảng đột ngột nổ ra khi Sigma - một Repliroid mạnh mẽ nhất - quay lưng lại con người và gây ra cuộc nổi loạn. Rockman X, một Irregular Hunter với mức độ "B", cùng với người cấp trên là Zero, đã thề phải ngăn chặn âm mưu tàn ác của Sigma. Trên hành trình đồng hành giữa cuộc chiến, Rockman X không chỉ phải đối diện với những kẻ thù hung ác mà còn tìm ra bí mật về nguồn gốc của mình từ vị khoa học gia bí ẩn Dr. Right. Liệu Rockman X có thể giải cứu thế giới khỏi cảnh tuyệt vọng hay sẽ phải hứng chịu số phận bi thương nhưng vẫn kiên cường đối mặt? Chỉ có thời gian mới có thể hé lộ.